Leider beziehen sich gefühlte 99,9% aller Bluetooth-unter-Linux-Anleitungen zur Zeit auf BlueZ 2. Gentoo bietet aber im unstable-Bereich seit langem BlueZ-3-Pakete.
Da dieser Versionssprung sehr umfangreiche Änderungen mit sich bringt, funktioniert das koppeln nicht mehr anhand der bisherigen Anleitungen. Insbesondere das Eingeben der PIN ist nicht ganz trivial unter BlueZ 3.
Daher hier der entscheidende Tipp:
Zuerst wie gehabt mit hcitool scan die Hardware-Adresse des Gegenüber herausfinden. Dann mit passkey-agent 1234 00:17:E3:8E:FA:BC die PIN in Stellung bringen (1234 ist die PIN, das dahinter die Hardware-Adresse des Gegenüber).
Sobald dieses Programm wartet, kann man mit dem anderen Gerät (z.B. Handy) die Kopplung einleiten. Nach Erfolgreicher Kopplung beendet sich passkey-agent von selbst und die PIN ist für das gekoppelte Gerät gespeichert.
(Ja, es gibt 2 oder 3 Gnome-Tools, die die PIN live abfragen, aber warum sollte man Gnome-Programme installieren wenn es auch ohne geht.)